ỨNG DỤNG SO SÁNH GENOME TRONG CHẨN ĐOÁN BỆNH THỦY SẢN

Tóm tắt

Sự phát triển bền vững của ngành nuôi trồng thủy sản đóng vai trò rất quan trọng đối với an ninh lương thực toàn cầu và phúc lợi kinh tế. Tuy nhiên, sự phát triển đa dạng của các nhóm vi khuẩn gây bệnh đang đặt ra một thách thức lớn cho sự phát triển các phương pháp kiểm soát sinh học bền vững. Những tiến bộ gần đây trong công nghệ giải trình tự bộ gen kết hợp với kĩ thuật sinh tin học đang trở thành một công cụ hiệu quả ứng dụng cho các nghiên cứu về bệnh thủy sản. Do đó, việc sử dụng các phương pháp so sánh bộ gen thường quy sẽ cung cấp thông tin đa dạng về sự phát sinh loài và xu hướng tiến hóa có thể của các tác nhân vi sinh gây bệnh thủy sản, làm sáng tỏ các cơ chế gây bệnh, cũng như khảo sát các cơ chế lây truyền mầm bệnh qua các thang dịch tễ học. Trong phân tích này, chúng tôi tổng hợp các kết quả và ứng dụng các phương pháp so sánh genome thao tác trên dữ liệu vi khuẩn gây bệnh thủy sản, bao gồm chi Vibrio và Edwardsiella với mục tiêu hướng đến các phương pháp phân tích hiện đại trong kiểm soát bệnh do vi khuẩn trong
nuôi trồng thủy sản ở Việt Nam. Cụ thể, việc thực hiện so sánh bộ gen của các nhóm vi khuẩn gây bệnh thủy sản có thể: (i) xác định lại các chủng vi khuẩn trước đây đã định danh sai với độ chính xác cao và phát hiện các phân lập mới có liên quan đến độc lực gây chết cao; (ii) phát triển phương pháp thường quy pan-PCR dựa vào biomarkers có khả năng nhận diện chính xác các phân lập từ mẫu lâm sàng; và cuối cùng (iii) phục vụ cho các nghiên cứu vaccine theo công nghệ vaccine đảo ngược hướng tới phòng ngừa nhiều bệnh
trên động vật thủy sản.