DỮ LIỆU HOÀN CHỈNH HỆ GEN LỤC LẠP CÂY SÂM ĐẤT CÔN ĐẢO ĐỊNH HƯỚNG ỨNG DỤNG NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ BẢO TỒN NGUỒN GEN

Tóm tắt

A COMPLETE CHLOROPLAST GENOME OF POUZOLZIA SP. AND IMPLICATIONS FOR BIODIVERSITY AND CONSERVATION OF MEDICINAL PLANTS

Tóm tắt: Sâm đất Côn Đảo (Pouzolzia sp.) còn được gọi là sâm rừng, sâm quy bầu và sâm nam, có giá trị dược liệu cao. Trong nghiên cứu này, hệ gen lục lạp của cây sâm đất Côn đảo được giải trình tự và phân tích. Hệ gen lục lạp có kích thước 153.176 cặp nucleotide được chia làm bốn vùng gồm: một vùng trình tự đơn lớn (kích thước 83.928 cặp nucleotide), một vùng trình tự đơn nhỏ (kích thước 18.648 cặp nucleotide), và hai vùng trình tự lặp đảo với kích thước mỗi vùng là 25.300 cặp nucleotide. Hệ gen lục lạp của cây sâm đất Côn Đảo bao gồm 79 gen liên quan mã hóa protein, 30 gen liên quan mã hóa tRNA và bốn gen liên quan mã hóa rRNA. Trong đó, tám gen liên quan mã hóa protein, bảy gen liên quan mã hóa tRNA và bốn gen liên quan mã hóa rRNA có thêm một bản sao do nằm trong vùng trình tự lặp đảo. Các gen có một intron cũng được ghi nhận. Trong đó, clpP1 và pafI gen có hai intron. Các dữ liệu cơ bản về hệ gen lục lạp của cây sâm đất Côn Đảo làm tiền đề cho các nội dung thực hiện tiếp theo về phát triển các chỉ thị phân tử, di truyền quần thể, bảo tồn giống và tiến hóa phân tử.

Abstract: Con Dao Pouzolzia (Pouzolzia sp.), also known as forest ginseng, sand ginseng, and southern ginseng, has high medicinal value. In this study, the chloroplast genome of Pouzolzia sp was sequenced and analyzed. Consequently, a quadripartite circular genome was completed and was 153,176 bp in length, including an LSC region of 83,928 bp, an SSC region of 18,648 bp, and two IR regions of 25,300 bp. This genome contained 79 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and four rRNA genes. Among the genes, eight protein-coding genes, seven tRNA genes, and four rRNA genes were duplicated because of being located in the inverted repeat regions. Genes with a single intron were also noted. Notably, the clpP1 and pafI genes contain two introns. The results of this study provided fundamental information about the chloroplast genome of Pouzolzia sp. and initial data for further studies examining molecular markers, population genetics, conservation, and molecular evolution.